Na zijn presidentschap ging Mandela door met het helpen van goede doelen, zoals het helpen van kinderen in armoede en de strijd tegen de ziekte aids. In 2004 liet Mandela zich niet vaak meer zien in het openbaar en verhuisde hij naar Johannesburg. Mandela's oudste zoon Makgatho overleed in 2005 aan aids.

In 2009 ging Mandela's gezondheid erg achteruit en werd hij steeds vaker ziek. Hij was in 2010 nog bij de sluitingsceremonie van het WK dat toen in Zuid-Afrika was. De laatste 2 jaren lag Nelson Mandela vaak in het ziekenhuis en op 5 December 2013 overleed hij in zijn huis in Johannesburg aan een longinfectie. Dit nieuws werd bekend gemaakt op de avond van dezelfde dag dat Mandela stierf, president Zuma maakte bekent dat op 95 jarige leeftijd Nelson Mandela overleden was.  

Op 15 December 2013 werd Mandela in Qunu begraven, het was een grote begravenis en er waren dan ook veel mensen. Er waren vrienden en familie van Nelson Mandela, maar er waren ook belangrijke mensen,  er waren bijvoorbeeld  meerdere presidenten aanwezig.